##FastQC	0.11.9
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	AM-AL-EC3.merged.rmdup.fastq.gz
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	24
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	31-46
%GC	47
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	39.333333333333336	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
2	39.333333333333336	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
3	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
4	38.833333333333336	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
5	39.333333333333336	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
6	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
7	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
8	39.333333333333336	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
9	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
10	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
11	38.666666666666664	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
12	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
13	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
14	39.333333333333336	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
15	38.166666666666664	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
16	39.333333333333336	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
17	39.333333333333336	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
18	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
19	35.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
20	36.166666666666664	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
21	38.166666666666664	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
22	37.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
23	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
24	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
25	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
26	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
27	38.833333333333336	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
28	38.833333333333336	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
29	38.833333333333336	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
30	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
31	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
32	39.27272727272727	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
33	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
34	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
35	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
36	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
37	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
38	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
39	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
40	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
41	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
42	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
43	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
44	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
45	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
46	40.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
>>END_MODULE
>>Per tile sequence quality	fail
#Tile	Base	Mean
2203	1	0.0
2203	2	0.0
2203	3	0.0
2203	4	0.0
2203	5	0.0
2203	6	0.0
2203	7	0.0
2203	8	0.0
2203	9	0.0
2203	10	0.0
2203	11	0.0
2203	12	0.0
2203	13	0.0
2203	14	0.0
2203	15	0.0
2203	16	0.0
2203	17	8.0
2203	18	0.0
2203	19	14.0
2203	20	0.0
2203	21	0.0
2203	22	0.0
2203	23	0.0
2203	24	0.0
2203	25	0.0
2203	26	0.0
2203	27	0.0
2203	28	0.0
2203	29	0.0
2203	30	0.0
2203	31	0.0
2203	32	0.0
2203	33	-20.0
2203	34	-20.0
2203	35	-20.0
2203	36	-20.0
2203	37	-20.0
2203	38	-20.0
2203	39	-20.0
2203	40	-20.0
2203	41	-20.0
2304	1	0.0
2304	2	0.0
2304	3	0.0
2304	4	0.0
2304	5	0.0
2304	6	0.0
2304	7	0.0
2304	8	0.0
2304	9	0.0
2304	10	0.0
2304	11	0.0
2304	12	0.0
2304	13	0.0
2304	14	0.0
2304	15	0.0
2304	16	0.0
2304	17	-8.0
2304	18	0.0
2304	19	-14.0
2304	20	0.0
2304	21	0.0
2304	22	0.0
2304	23	0.0
2304	24	0.0
2304	25	0.0
2304	26	0.0
2304	27	0.0
2304	28	0.0
2304	29	0.0
2304	30	0.0
2304	31	0.0
2304	32	0.0
2304	33	20.0
2304	34	20.0
2304	35	20.0
2304	36	20.0
2304	37	20.0
2304	38	20.0
2304	39	20.0
2304	40	20.0
2304	41	20.0
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	pass
#Quality	Count
35	1.0
36	0.0
37	0.0
38	5.0
39	9.0
40	9.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	4.166666666666666	20.833333333333336	54.166666666666664	20.833333333333336
2	8.333333333333332	12.5	41.66666666666667	37.5
3	8.333333333333332	4.166666666666666	66.66666666666666	20.833333333333336
4	12.5	12.5	29.166666666666668	45.83333333333333
5	8.333333333333332	20.833333333333336	37.5	33.33333333333333
6	4.166666666666666	4.166666666666666	37.5	54.166666666666664
7	12.5	12.5	50.0	25.0
8	4.166666666666666	25.0	33.33333333333333	37.5
9	29.166666666666668	8.333333333333332	54.166666666666664	8.333333333333332
10	0.0	25.0	58.333333333333336	16.666666666666664
11	4.166666666666666	4.166666666666666	66.66666666666666	25.0
12	4.166666666666666	4.166666666666666	45.83333333333333	45.83333333333333
13	33.33333333333333	4.166666666666666	8.333333333333332	54.166666666666664
14	29.166666666666668	8.333333333333332	8.333333333333332	54.166666666666664
15	0.0	37.5	45.83333333333333	16.666666666666664
16	12.5	29.166666666666668	8.333333333333332	50.0
17	25.0	8.333333333333332	8.333333333333332	58.333333333333336
18	0.0	29.166666666666668	50.0	20.833333333333336
19	33.33333333333333	4.166666666666666	8.333333333333332	54.166666666666664
20	8.333333333333332	4.166666666666666	12.5	75.0
21	37.5	8.333333333333332	33.33333333333333	20.833333333333336
22	20.833333333333336	4.166666666666666	33.33333333333333	41.66666666666667
23	20.833333333333336	4.166666666666666	20.833333333333336	54.166666666666664
24	54.166666666666664	4.166666666666666	25.0	16.666666666666664
25	16.666666666666664	8.333333333333332	66.66666666666666	8.333333333333332
26	20.833333333333336	8.333333333333332	62.5	8.333333333333332
27	50.0	12.5	33.33333333333333	4.166666666666666
28	29.166666666666668	8.333333333333332	50.0	12.5
29	33.33333333333333	4.166666666666666	54.166666666666664	8.333333333333332
30	58.333333333333336	12.5	25.0	4.166666666666666
31	25.0	25.0	45.83333333333333	4.166666666666666
32	9.090909090909092	36.36363636363637	50.0	4.545454545454546
33	41.17647058823529	17.647058823529413	35.294117647058826	5.88235294117647
34	25.0	18.75	50.0	6.25
35	33.33333333333333	20.0	40.0	6.666666666666667
36	46.15384615384615	46.15384615384615	7.6923076923076925	0.0
37	61.53846153846154	38.46153846153847	0.0	0.0
38	30.76923076923077	69.23076923076923	0.0	0.0
39	61.53846153846154	30.76923076923077	7.6923076923076925	0.0
40	30.76923076923077	61.53846153846154	0.0	7.6923076923076925
41	61.53846153846154	30.76923076923077	7.6923076923076925	0.0
42	25.0	58.333333333333336	16.666666666666664	0.0
43	10.0	30.0	60.0	0.0
44	0.0	50.0	50.0	0.0
45	50.0	0.0	50.0	0.0
46	0.0	100.0	0.0	0.0
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	fail
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	0.0
10	0.0
11	0.0
12	0.0
13	0.0
14	0.0
15	0.0
16	0.0
17	0.0
18	0.0
19	0.0
20	0.0
21	0.0
22	0.0
23	0.0
24	0.0
25	0.0
26	0.0
27	0.0
28	0.0
29	0.0
30	0.0
31	0.0
32	0.0
33	0.0
34	0.0
35	0.0
36	0.0
37	0.0
38	0.0
39	0.0
40	0.5
41	1.0
42	1.0
43	2.5
44	6.5
45	10.0
46	12.0
47	10.5
48	6.0
49	3.5
50	3.5
51	3.5
52	2.0
53	0.5
54	0.0
55	0.5
56	1.0
57	1.0
58	0.5
59	0.0
60	0.0
61	0.0
62	0.0
63	0.0
64	0.5
65	1.0
66	1.0
67	0.5
68	0.0
69	0.0
70	0.0
71	0.0
72	0.0
73	0.0
74	0.0
75	0.0
76	0.0
77	0.0
78	0.0
79	0.0
80	0.0
81	0.0
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	0.0
10	0.0
11	0.0
12	0.0
13	0.0
14	0.0
15	0.0
16	0.0
17	0.0
18	0.0
19	0.0
20	0.0
21	0.0
22	0.0
23	0.0
24	0.0
25	0.0
26	0.0
27	0.0
28	0.0
29	0.0
30	0.0
31	0.0
32	0.0
33	0.0
34	0.0
35	0.0
36	0.0
37	0.0
38	0.0
39	0.0
40	0.0
41	0.0
42	0.0
43	0.0
44	0.0
45	0.0
46	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	warn
#Length	Count
31	2.0
32	5.0
33	1.0
34	1.0
35	2.0
36	0.0
37	0.0
38	0.0
39	0.0
40	0.0
41	1.0
42	2.0
43	6.0
44	2.0
45	1.0
46	1.0
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	pass
#Total Deduplicated Percentage	100.0
#Duplication Level	Percentage of deduplicated	Percentage of total
1	100.0	100.0
2	0.0	0.0
3	0.0	0.0
4	0.0	0.0
5	0.0	0.0
6	0.0	0.0
7	0.0	0.0
8	0.0	0.0
9	0.0	0.0
>10	0.0	0.0
>50	0.0	0.0
>100	0.0	0.0
>500	0.0	0.0
>1k	0.0	0.0
>5k	0.0	0.0
>10k+	0.0	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	fail
#Sequence	Count	Percentage	Possible Source
AACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGAA	1	4.166666666666666	Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 31bp)
ATTACTGAGATCGGAAGAAGGGAAAGAGTGT	1	4.166666666666666	No Hit
CTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATTTAGAACCCAGATCGGAAGA	1	4.166666666666666	Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 28bp)
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTTTGAGAGAGAT	1	4.166666666666666	No Hit
CCTTCCATCCCCAGAGCTGCAGGCCGCCTTCT	1	4.166666666666666	No Hit
TAGTGTGAGATAGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAA	1	4.166666666666666	Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 27bp)
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAAGAGAT	1	4.166666666666666	No Hit
TTTAACAGATCGGAAGACGTCGTGTAGGGAA	1	4.166666666666666	No Hit
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT	1	4.166666666666666	No Hit
AAGGTCCAGATCGGAAGAGCGTCGTATAGGGAA	1	4.166666666666666	Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 26bp)
CTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGGTTGTTGAGAGAGAT	1	4.166666666666666	No Hit
CTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT	1	4.166666666666666	No Hit
AGTGGACAGATCGGAAGAGCGTCGTTAGGAAA	1	4.166666666666666	No Hit
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGGTTGAGAGAGAT	1	4.166666666666666	No Hit
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTGAGAGAGAT	1	4.166666666666666	No Hit
TTCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTGTTGTTGTTGAGAGAGAT	1	4.166666666666666	No Hit
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGGAGAGAT	1	4.166666666666666	No Hit
TGTGATTAGATCGGAAGAGCGTCTGTAGGGAAAGA	1	4.166666666666666	No Hit
GTTCAGACGTGTCCTCTTCCGATCTCGCTTGC	1	4.166666666666666	Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (96% over 25bp)
CTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT	1	4.166666666666666	No Hit
ATTCATGAGATCGGAAGAGCGTGTGTGGGAAA	1	4.166666666666666	No Hit
TCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT	1	4.166666666666666	No Hit
TTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATAT	1	4.166666666666666	Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 33bp)
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT	1	4.166666666666666	No Hit
>>END_MODULE
>>Adapter Content	fail
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	SOLID Small RNA Adapter
1	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
2	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
3	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
4	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
5	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
6	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
7	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
8	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
9	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
10	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
11	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
12	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
13	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
14	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
15	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
16	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
17	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
18	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
19	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
20	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
21	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
22	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
23	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
24	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
25	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
26	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
27	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
28	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
29	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
30	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
31	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
32	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
33	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
34	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
35	16.666666666666668	0.0	0.0	0.0	0.0
>>END_MODULE