FastQCFastQC Report
Sat 10 Aug 2024
AM-AL-EC3.merged.rmdup.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameAM-AL-EC3.merged.rmdup.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length31-46
%GC47

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
AACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGAA14.166666666666666Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 31bp)
ATTACTGAGATCGGAAGAAGGGAAAGAGTGT14.166666666666666No Hit
CTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATTTAGAACCCAGATCGGAAGA14.166666666666666Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 28bp)
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTTTGAGAGAGAT14.166666666666666No Hit
CCTTCCATCCCCAGAGCTGCAGGCCGCCTTCT14.166666666666666No Hit
TAGTGTGAGATAGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAA14.166666666666666Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 27bp)
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAAGAGAT14.166666666666666No Hit
TTTAACAGATCGGAAGACGTCGTGTAGGGAA14.166666666666666No Hit
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT14.166666666666666No Hit
AAGGTCCAGATCGGAAGAGCGTCGTATAGGGAA14.166666666666666Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 26bp)
CTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGGTTGTTGAGAGAGAT14.166666666666666No Hit
CTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT14.166666666666666No Hit
AGTGGACAGATCGGAAGAGCGTCGTTAGGAAA14.166666666666666No Hit
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGGTTGAGAGAGAT14.166666666666666No Hit
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTGAGAGAGAT14.166666666666666No Hit
TTCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTGTTGTTGTTGAGAGAGAT14.166666666666666No Hit
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGGAGAGAT14.166666666666666No Hit
TGTGATTAGATCGGAAGAGCGTCTGTAGGGAAAGA14.166666666666666No Hit
GTTCAGACGTGTCCTCTTCCGATCTCGCTTGC14.166666666666666Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (96% over 25bp)
CTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT14.166666666666666No Hit
ATTCATGAGATCGGAAGAGCGTGTGTGGGAAA14.166666666666666No Hit
TCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT14.166666666666666No Hit
TTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATAT14.166666666666666Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 33bp)
TCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)